Úgy tűnik, hogy a gombabirodalom nem olyan nagy, és ennek ellenére annyi szemét gyűlt össze benne, hogy már nem fér el egy speciálisan kijelölt hulladéklerakón. A király úgy döntött, hogy mindent a tengerbe dob, de Mario teljesen ellene van. A Super Mario Transporterben személyesen kíván eltávolítani minden hulladékot szülőhelyéről, oda, ahol megsemmisítik vagy újrahasznosítják. Ehhez a hős többféle teherszállító tartályhajót és más hajót készített fel. De valakinek segítenie kell a hősnek a leeresztő szelepek kinyitásában. A hulladékot nem lehet összetéveszteni, különböző színű, és meg kell egyeznie a tartály színével. Hová öntöd őket. Nyissa ki a szárnyakat, és ne keverjen folyadékot a Super Mario Transporterben.
