Az egyik kutatóbázison a tudósok új halfajokat próbálnak tenyészteni. A Merge Fish játékban csatlakozni fogsz hozzájuk ezekben a kísérletekben. Egy kis tó jelenik meg a képernyőn előtted, feltételesen belül, négyzetes zónákra osztva. A vezérlőpanelek oldalán különböző halfajták láthatók. Gondosan vizsgálja meg őket, és találjon azonos halakat. Most az egér segítségével húzza őket a játékmezőre, és helyezze őket egymás mellé. Amint több hal egymás mellett van, és hármas sort alkot, összeolvadnak egymással. Így új típusú halat hoz létre, és pontokat kap érte.
