Háború kezdődött a nindzsa klánok között, akik különböző oldalakat támogatnak a Fény és Sötét erők harcában. A Ninja Legend játékban segítesz hősödnek visszavágni a sötét nindzsáknak, akik megtámadták a kolostort, ahol felkészítik a világos erők harcosait. Maga előtt a képernyőn láthatja a karakterét pajzzsal és lándzsával felfegyverkezve. Az ellenség lándzsásai az ő irányába fognak mozdulni. Neked, aki irányítod a hősödet, ki kell számítanod a dobás röppályáját, és lándzsát kell dobnod az ellenségre. Ha a cél pontos, akkor a lándzsa eltalálja az ellenséget, és elpusztítja. Lándzsákat is dobnak a hősödre. Használnod kell a pajzsodat, hogy leküzdd őket. Ezenkívül hősöd különféle mágikus képességeket használhat az ellenség védelmére vagy megtámadására.
