Az apokalipszis különböző okok miatt történhet, az Apocalypse Run játékban a gépek felkelése következtében megjelenő apokalipszis középpontjában lévő hősnek fogsz segíteni. A mesterséges intelligencia, amelynek megjelenését annyira várták, és gyors fejlődése miatt annyira csodálták, úgy döntött, hogy most nincs szüksége emberekre. Sőt, még károsak is, mert mindent rosszul csinálnak, gyakran irracionálisan viselkednek, tönkreteszik a környezetet és megölik a saját fajtájukat. A gép elméjében erős meggyőződés alakult ki, hogy az ember a fő gonosz a bolygón, és el kell pusztítani. Így kezdődött az emberiség szisztematikus pusztítása, és az Apocalypse Run hőse ezt el akarja kerülni, és te segítesz neki a robotok elleni küzdelemben.
