Sonicnak lehetősége nyílik megküzdeni régi ellenségével, Knuckles-szal. A kék sündisznó váratlan információt kapott ellenfele tartózkodási helyéről, és oda szándékozik menni. A hősök barátjukkal és asszisztensükkel, Tails-szal együtt repülővel mennek a szigetre. Leszállás után találkoznak Knuckles-szal, de gyorsan eltűnik. Segítened kell Sonicnak és barátjának üldözni a gonoszt. Sok csapdát helyezett el a szigeten, hogy senki ne érhesse utol, de Sonicot nem lehet megállítani, és szigorúan ellenőrizni fogja a hős mozgását, megakadályozva, hogy éles tüskékbe ütközzen. Gyűjts gyűrűket, mindig hasznosak lesznek a Sonic 3 & Knuckles hősének.
