Minden szinten egy pár teljesen különböző szintű hős jelenik meg előtted. Lehetnek egészen hétköznapi srácok vagy lányok, szuperhősök stb. A Persona Runner indulásakor megjelenik egy résztvevő, akiből létre kell hoznia azt, amit a futás előtt mutatott. A hősnek össze kell gyűjtenie valamit, ami növeli a piros vagy kék színt a skálán. Először is el kell döntenie, hogy melyik szín domináljon, és csak azt gyűjtse össze, ami növeli. Ha szintje a célegyenesben több mint a hős feje feletti skála fele, akkor teljesíti a szintet. A szerény futóból pedig zseniális hős lesz a Persona Runnerben.
