A ninja sokáig tanult, és végre eljött az idő, hogy tudását és képességeit a Dark Ninja Hanjoban kamatoztassa. Sensei tájékoztatta tanítványát, hogy kész önálló életet kezdeni, ugyanakkor az egykori diákot felkérték egy nagyon fontos küldetésre a város helyreállítására. A küldetés megmutatja, mennyire felkészült a hős. A várost felemészti a sötétség, hogy kiszabadítsa, démonokkal vagy megszállt harcosokkal kell harcolnia. A ninja meg tudja majd mutatni, mire képes. Kapjon utasításokat a tanártól a kezdeti szakaszban, ő elkíséri tanítványát, de ezután egyedül kell cselekednie a Dark Ninja Hanjoban.
