Bármilyen tevékenységhez professzionalizmus szükséges, de bizonyos szakmákban bizonyos erkölcsi szempontok betartása is szükséges, és ez különösen érvényes a különféle tudományos fejleményekre, amelyek árthatnak az embereknek. A Secret Lab Chronicles játék hőse, Benjamin professzor csábító ajánlatot kapott, hogy egy magánlaboratóriumban dolgozzon néhány titkos kísérleten. Elhatározta, hogy beleegyezik, de amikor elkezdte a munkát, rájött, hogy ha a kísérletek sikeresek lesznek, az emberiség újabb fenyegetéssel néz szembe egy olyan fegyver megjelenésével, amely nem hasonlítható össze a meglévő fegyverekkel. A hős mindenkit le akar fedni, aki a laboratórium létrehozása és működése mögött áll, de bizonyítékokra van szüksége, és össze kell gyűjtened a Secret Lab Chronicles-ben.
