Egy bizonyos program egy nagyon is valóságos, egy személyhez külsőleg hasonló lény személyében ki akar lépni a digitális mátrixból, ennek oka az, hogy a Matrix Escape-ben megsemmisül. A hős meg akarja találni az úgynevezett hátsó ajtót, és ehhez nagyon gyorsan kell mozognia. A Mátrix elhatározta, hogy megpróbálja elvágni az összes utat. Minden, amire támaszkodhat, egy szempillantás alatt eltűnik, így a másodperc töredékéig sem lehet elidőzni, hanem folyamatosan előre haladni, egyik blokkról a másikra ugrálva. A Matrix Escape-ben ügyességre, mozgékonyságra és gyors reakcióra lesz szüksége.
