Egy másik ügy nyomozása közben a Mystery Subway Escape 2 játék hőse, Michael nyomozó talált egy titkos bejáratot elhagyott metróállomásokon. Kevesen tudnak róluk. Nem műszaki alagutakról beszélünk, hanem olyan állomásokról, amelyek egykor működtek, de ilyen-olyan okok miatt bezártak és nem igényeltek. Ott maradt néhány felszerelés, holmi és tárgy, amit nem dobtak ki, mert még hasznosak lehetnek. Hősünk ott keres majd bizonyítékot, majd kiutat, hiszen az ajtót, ahová belépett, valaki bezárta a Mystery Subway Escape 2-ben. Nyilvánvalóan őt figyelték, és úgy döntöttek, megszabadulnak az aprólékos nyomozótól.
