A Noob: Jailbreak 2 játék második részében ismét a Minecraft világába juthatsz el. A hősöd, egy Noob nevű fickó újra börtönben van, és neked kell segítened neki, hogy kiszabaduljon belőle. Ehhez Noobnak el kell menekülnie. A hősöd az egyik börtönszobában lesz. Azáltal, hogy irányítod a tetteit, előrehaladsz, leküzdve a különféle csapdákat és egyéb veszélyeket az út során. Különféle helyeken lesznek ajtókulcsok és egyéb hasznos tárgyak, amelyeket össze kell gyűjtenie. Ezeket a kulcsokat és tárgyakat használhatja az ajtók kinyitásához. Így fokozatosan, lépésről lépésre, a Noob: Jailbreak 2 játékban segít megnyitni az utat hősödnek a szabadság felé.
