Egy távoli galaxisban háború vált ki a két idegen faj között. A Clash Of Aliens játékban csatlakozol hozzájuk, és parancsnokságként szolgálsz a hadsereg számára. A flotta belép az ellenséges hajók századja elleni csatába. A képernyőn látni fogja a fő hajót. Alatta lesz a központ. Ezzel csapatokat küld a hajóikba. Az ellenséget megtámadva elpusztítják őket, és erre pontokat fognak adni.
