A vírusok háborút jelentettek az emberiség ellen, és továbbra is nyernek, de az emberek nem adják fel magukat a vakcina gyors megkísérlésének. Eközben a játékban már feltaláltak egy életmentő oltást, és nem csak egyet, hanem különféle típusú vírusokat, amelyek a hangsebességgel szaporodnak. A Kill The Virus játékban igazi vírusgyilkos leszel. Előtted fognak merülni, mint egy szörnyűbb, mint a másik. Dobj bele fecskendővel tele, próbálj figyelmes és pontos lenni. Nem tud bejutni a már beragadt fecskendőbe, különben a vírusos szörny életben marad és megbomlik. A szint átadásához le kell lőnie az összes elkészített oltást.
