Mario örök ellensége - Bowser ismét kitüntette magát. Kitalált és ellopta az összes csillagot az égből, amely a Gomba Királyság felett húzódott. De ez nem elég, a gazember összegyűjtötte a zsákmányt, és Egyiptomba ment, hogy szétszórja őket a piramisok és a fáraók szobrai közötti homokon. Peach hercegnő este kiment csodálni a csillagokat, teljes sötétséget látott és nagyon fel volt háborodva, a király pedig azonnal Mario után küldött. A vízvezeték-szerelőt elrendelték, hogy azonnal utazzon Egyiptomba és szerezze vissza az összes ellopott csillagot. A hős engedelmesen útnak indul, és követheti őt a Super Mario Egypt Stars-ban, és segíthet a küldetés teljesítésében. Ismét meg kell küzdenie a gonosz gombákkal és a húsevő növényekkel, fel kell ugrania a platformokra és érméket kell gyűjteni, de csillagokat kell gyűjtenie.
