Időről időre a játékos lányok kedvet kapnak ahhoz, hogy varázslatot használjanak saját céljaikra. Yuki, a Magical Girl Spell Factory játék hősnője azonban úgy látja, hogy a mágia segíthet valakinek, aki ezt igényli. Nemrég megtudta, hogy tizenkét karakter hirtelen eltűnt a játéktérről. A lány úgy döntött, hogy varázskönyve segítségével megpróbálja visszaszerezni őket. Először készítse fel a lányt úgy, hogy ruhát választ neki, majd kezdje el kombinálni a boszorkányság összetevőit. Vegyünk három tárgyat, és helyezzük el a könyvbe. Csoda történik, és az egyik eltűnt hős megjelenik, ha a tárgyakat helyesen veszik fel a Magical Girl Spell Factory-ban.
