A híres kalandor, Indiana Jones felfedezett egy ősi templomot a hegyekben. Hősünk behatolt rajta, és egy ősi leletre bukkant a templom mélyén. Amikor elvette, aktiválódtak az ősi csapdák. Indiana meghalhat, és a Temple Runner 3D játékban neked kell segítenie neki kijutni a templomból. Előtted hősünk lesz látható a képernyőn, aki fokozatosan felgyorsulva fut végig a templomból kivezető úton. Hősünk útján különféle akadályok lesznek. Ügyesen irányítva a karaktert kell körbefutnod őket, vagy egyszerűen át kell ugranod. Mindenhol elszórt aranyérméket fog látni, amelyeket össze kell gyűjtenie. Minden egyes felvett érméért pontokat kap.