A futójátékok nagyon népszerűek, és akik nem futottak virtuális utakon, vágányokon és metróvonalakon. A Nano Ninjas játék meghívja Önt, hogy fussunk együtt egy vagány kis nindzsával. Elhatározta, hogy kincsvadászatot kezd, és még talált is egy ősi templomot, ahol száz értékes dolgot szerezhetett. De ennek eredményeként nemhogy semmit sem kaphat, hanem életét is elveszíti. Amint bedugta a fejét a halántékba, egy hatalmas fekete párduc ugrott ki eléje azzal a szándékkal, hogy felfalja a betolakodót. Itt az ideje, hogy a nindzsa felszálljon, és itt az ideje, hogy beavatkozz, és segíts neki leküzdeni az akadályokat, hogy ne váljon vacsorává a vadállatnak a Nano nindzsákban.