Az Atom War játékban abba a világba jutsz el, ahol a legkisebb részecskék élnek, amelyeket atomoknak nevezünk. Háború kezdődött ezen a világon, és te részt veszel benne. Látni fogja a vörös atomját a képernyőn maga előtt. Egy bizonyos méretű lesz, és egy kis erőtér lesz látható körülötte. Az atom körül más részecskék kezdenek megjelenni kék színnel. Gondosan meg kell vizsgálnia őket, és meg kell találnia azokat, amelyek kisebbek, mint a karaktered. Ez azt jelenti, hogy ezek a részecskék gyengébbek, mint az atom. Meg kell üldözni őket, majd támadni. A kék atom elpusztításával pontokat kapsz, karaktered pedig nagyobb és erősebb lesz.
