Egy Tom nevű fickó egy hanyatlóban lévő kis gyárat örökölt. Hősünk úgy döntött, hogy elkezdi fejleszteni. A Mega Factory játékban ebben segítesz neki. A karaktered látható lesz előtted a képernyőn, aki a gyár egyik telephelyén fog elhelyezkedni. Az első dolog, amit meg kell tennie, hogy átfusson rajta, és alaposan megnézzen mindent. Aranyérméket kell gyűjtenie, amelyek a szoba padlóján vannak szétszórva. Ezután üzembe helyezi a gyári berendezést. Elkezd olyan termékeket gyártani, amelyeket csomagolni kell. Ezt követően a terméket egy teherautóra rakod, amely kiszállítja az ügyfeleknek. Ezért pénzt fog kapni. Ezeket költheti új berendezések beszerzésére a gyár számára, alapanyagok beszerzésére a munkához és alkalmazottak felvételére. Így a Mega Factory játékban fokozatosan megszervezi a gyár munkáját.
