Mario nem lelkesedik a Halloweenért, mert általában ilyenkor minden gonosz szellem aktiválódik a Gombabirodalom területén, és Bowser elengedi az összes csatlósát, hogy rendetlenséget csináljon. A Super Mario Flash Halloween Versionban segítesz Marionak megtalálni az összes gonosztevőt, és felülről ugrálva végezni velük. A hős összes barátja, sőt Luigi bátyja is otthon bújik, és nem ütik ki az orrát, csak a bátor vízvezeték-szerelő nem fél senkitől. És ennek megvan az oka – te, az agilis játékos irányítod a hőst, és nem hagyod, hogy hibázzon a Super Mario Flash Halloween Version verziójában.
