A Ben 10: Brains vs Bugs játékban segítenie kell egy vicces zöld idegennek, hogy kiszabadítsa elrabolt barátait. Előtted a karaktered látható lesz a képernyőn, amely egy bizonyos helyen fog elhelyezkedni. A vezérlőgombok segítségével irányíthatja a tevékenységét. Hősödnek egy bizonyos útvonalon kell haladnia, leküzdve a különféle csapdákat és egyéb veszélyeket. Útközben aranyérméket és egyéb hasznos tárgyakat gyűjt, amelyek pontokat hoznak a Ben 10: Brains vs Bugs játékban, és különféle bónuszokat adhatnak a karakternek. Ezenkívül a karakterednek meg kell küzdenie az útközben felbukkanó hibákkal.
