Peach hercegnőt ismét elrabolták, Bowser nem tud megnyugodni, és ideje visszavonulni, de még mindig adj neki egy szépséget. Mariónak útra kell kelnie, és nem is ő az első frissesség. A vízvezeték-szerelő most először kételkedett a képességeiben, és úgy döntött, hogy Sonicot hívja segítségül, mivel tudta, hogyan tud gyorsan futni és magasra ugrani. Addig is, amíg Sonic megérkezik, irányíthatod Mariót, és segíthetsz neki érméket gyűjteni, és ráugrani Bowser csatlósaira. Ezután válthat Sonicra, de neki gyűrűket kell gyűjtenie, de mindkét hősnek ugyanaz a célja - megmenteni a hercegnőt a Super Mario és a Sonic játékban.