Egy Pókember szuperképességekkel rendelkező srác a külföldi hírszerzéshez ment, és különleges ügynök lett belőle, mint James Bond. De nincs szüksége fegyverre, megbirkózik az ellenségeivel. Ami kiszabadít egy hálót az íjból, és belegabalyítja az ellenséget, teljesen mozgásképtelenné téve. A Mutant Assassin 3D-ben a nem kívánt ellenséges ügynökök kiiktatásával segítesz a hősnek a küldetések teljesítésében. A megsemmisítési mechanizmus egyszerű: a zöld kört a következő piros gazemberre irányítod, és elengeded a hálót. A test köré teker, és az ellenség legyőzi. Ugyanígy halom pénzt kell összegyűjtened, ezeket be kell gyűjtened ahhoz, hogy teljesítsd a pályát a Mutant Assassin 3D-ben.