A Gombabirodalom életét ismét megzavarta Peach hercegnő elrablása. Bowser nem tud megnyugodni, és nem tud semmi újat kitalálni, csak a hercegnő elrablását. Mario a Super Mario Flash-ben egy utazásra indul, hogy megmentsen egy lányt, számára nem ez az első alkalom, és van okod arra, hogy ismét egy szórakoztató kaland résztvevője legyél. Vezesd Mariót a platformokon, ugrálj gonosz gombákon és teknősökön. Találja meg a nagy mágikus légyölő galót, amely a vízvezeték-szerelőt Super Mariová varázsolja. A platformokon ráadásul egy varázslatos virágot is találhatunk, ami szintén erősíti a hőst és erőt ad neki a Super Mario Flash-ben.
