Mario kalandjai a Super Mario Flash 2-ben folytatódnak. korábbi küldetése Peach hercegnő megmentésére sikeres volt, de a hősnek nem kellett sokáig pihennie a babérjain. Szegény hercegnőt ismét elrabolták, és ezúttal egy sárkány tette. A foglyot a toronyba helyezte, és teljes alávetést követel a Gombabirodalomtól. Mariónak még nem volt ideje pihenni, de újra útnak indult. Ezúttal több ellenséggel kell szembenéznie, tömegesen támadnak majd. Légy gyors és mozgékony, miközben ellenségeid fejére ugrasz, és elpusztítod őket a Super Mario Flash 2 játékban.