A Ninja Assassin hőse Ninja gyilkos, és a segítségével elvégzi a munkáját. Ez a pusztításból áll, akik jelenleg ellenségévé váltak. Valójában a raktárak megtisztítása. Egy nagy méretű támadás várható rájuk, hogy rabolják el. Az őrök dobozokkal járnak a szobákon, lámpákkal megvilágítva. Ha a ninja a lámpás által megvilágított zónában van, az őr meglátja és megtámadja. A sötét oldalról ki kell választani, és azonnal támadni kell. Az egész folyamat csendes, így más őrök nem vigyáznak a ninja gyilkosra.
