A Crystal Lines játékban különböző kristályokat kapunk. Mielőtt látni fogja, hogy a játéktér megtörik egy bizonyos számú cellában. Néhányukban kristályok találhatók. Ami innen húzódna ki, akkor ugyanazokat a kristályokat kell feltüntetnie három téma egy sorában. Ehhez ki kell választania a szükséges kristályt. Ehhez egyszerűen ki kell választania a kívánt kőt az egér kattintásával és egy bizonyos irányba tolva. Egy bizonyos távolságot fog utazni, hogy eljusson a megfelelő helyre. Ezután a kövek eltűnnek a képernyőről, és kapnak pontokat.