A Poop Clicker 3 játékban egy fiatal tudós laboratóriumába kerülünk, aki ma egy érdekes anyag kísérletsorozatát kívánja elvégezni. Ehhez rakott egy kupacot egy bizonyos tartályba, amelyet a képernyő sarkain jobbra fogunk látni. Különböző csövek és digitális érzékelők hagyják el a tartályt. A tetején több mérleg van. Annak érdekében, hogy megváltoztassák az irányt, amire szüksége van, be kell vinnie az egérgombot a halomba, és amint lehetséges, folyamatosan növelje a tempót, hogy rákattintson rá. Ezek a tevékenységek hoznak neked pontokat.
