A párhuzamos világból származó idegenek behatoltak az egyik bolygón a pixel világban. Ezek a levegőben lévő portálról jelennek meg, és elkezdenek alkotni a csataformációkat. A bolygó légierői riasztottak. A Pixel War játékban harci pilóta lesz. Meg kell repülnie a hajón, hogy megfeleljen az ellenségnek, és csatlakozzon a csatához. Tönkreteheted a hajót, és tüzet fogsz pusztítani a fegyverektől, és elpusztítani az összes riválisot. Minél többet ölsz meg, annál több pontot kapsz.
