A Flappy Tengeralattjáró tengeralattjárójának másik állam területére kell menned, és fel kell készülnie a tengeralattjáró felderítésére. Mielőtt a képernyőn megjelenik, látni fogja a tengerfenéket, amelyen a tengeralattjáró fokozatosan felgyorsul. Hogy egy bizonyos magasságban víz alatt lebegett, akkor egérrel kell kattintania a képernyőre. A tengeralattjáró útján különféle csapdákba esik. Meg kell kerülni őket, és kerülni kell az ütközéseket velük.
