Az egyik arisztokrata egy nindzsacsoportot bérelt fel, hogy megölje a japán császárt. Beat Ninja Blam-ben vagy! meg kell védened őt. A palotába való bejutáshoz a ninja harcosok ástak. Megtéveszt, és megvárja megjelenésüket. Mielőtt a képernyőn megjelenik, látni fogja a lyukakat, ahonnan a ninja megjelenik. Ha gyorsan reagál, akkor rá kell kattintania az egérrel. Így sztrájkolni fogsz és megsemmisíti őket. Minden legyőzött ellenségért bizonyos pontokat kapsz.