A Virus Ninja 2 játék második részében segíteni fog egy bátor nindzsaharcosnak a különféle vírusok elleni harcban. Mielőtt a képernyőn megjelenik, egy olyan játékterem lesz, amelyen különböző baktériumok megjelenhetnek. Különböző irányban és különböző sebességgel mozognak. Elpusztításához kardot kell használni. Óvatosan nézze meg a képernyőt, és vezessen tárgyakat az egérrel. Így megüti a baktériumokat, és darabolja őket. Időnként bombák jelenhetnek meg ezek között az objektumok között. Nem szabad őket lengni.
