A Csendes-óceán egyik szigetén egy titkos kormányzati bázis kapott helyet, ahol a tudósok kísérleteket végeztek emberekkel. De az a baj, hogy a tesztalanyok kiszabadultak és megsemmisítették az alapszemélyzet nagy részét. A tudósok egy részének sikerült elmenekülnie, és bezárkózott a bázis menzájába. A Cry Islands játékban be kell hatolnia a szigetre, és el kell pusztítania az összes mutánt. Hősödet helikopterrel dobják le a sziget egy bizonyos részén. Ha készen állnak a fegyverek, akkor előre kell lépnie és gondosan körül kell néznie. Amint észreveszi az ellenséget, fegyverét az ellenségre kell irányítania, és tüzet kell nyitnia az öléshez. Pontosan lőve az ellenségre, elpusztítja. Minden egyes ölésért kapsz egy bizonyos számú pontot.
