Az új Pen Boy Runner játékban segítened kell a piros tollat egy bizonyos útvonalon végighaladni, és az utazás végpontjára érni. Ön előtt a képernyőn látható lesz egy bizonyos terület, ahol a toll található. A vezérlőgombok segítségével irányíthatja a tevékenységét. Különféle tárgyak lesznek szétszórva a helyszínen, amelyek akadályként működnek. A fogantyútól kezdve elhagyja a pontozott vonal helyét. Megmondja az útvonalat, amelyen a toll mozogni fog. Miután áthaladt rajta, és útközben összegyűjtött bizonyos tárgyakat, a célegyenesben találja magát. Amint a fogantyú keresztezi, pontokat kap, és továbblép a játék következő szintjére.
