A galaxisban utazva egy Tom nevű kutató folyamatosan találkozik különféle ősi leletekkel. Ahhoz, hogy a hősöd eljusson hozzájuk, különféle rejtvényeket kell megoldania. A Puzzle Galaxies játékban te segítesz neki ebben. A képernyőn Ön előtt egy kockákból álló terv látható. Mindegyik belül egyenlő számú négyzet zónára lesz osztva. Minden zónában egy bizonyos színű labdát fog látni. A vezérlőgombok segítségével elforgathatja a kockákat a tengelye körül a térben. Az Ön feladata, hogy ezeket az elemeket úgy állítsa be, hogy az összes golyó meghatározott sorrendben legyen elrendezve. Amint ezt megteszi, bizonyos számú pontot kap a Puzzle Galaxies játékban, és továbbléphet a játék következő szintjére.
