Egy Kyoto nevű bátor nindzsának fel kell másznia egy magas épület tetejére. A Ninja Up játékban te segíted a karaktert ebben a kalandban. Ön előtt a földön álló nindzsája látható lesz a képernyőn. Egy jelre a karaktered elkezd ugrani egy bizonyos magasságra. Egy vonalat kell húznod a nindzsa alá az egérrel. Amint meghúzza, megjelenik egy speciális gumikötél. A hősöd, miután ráesett, egy ugrást hajt végre és felrepül. Tehát a Ninja Up játékban ezeket a köteleket meghúzva fokozatosan segítesz a hősnek felmászni az épület tetejére. Ugyanakkor az út során segítened kell a nindzsának olyan tárgyakat összegyűjteni, amelyek a játéktér különböző helyein a levegőben lógnak. A játékban való választásukért a Ninja Up pontokat ad.
