A Mátrixban több prototípus is készült, és ezek közül az egyik, a 09435-ös szám bizonyult a legsikeresebbnek. Ez egy digitális fiú, aki elképesztően gyorsan kezdett fejlődni, és hamarosan fel akarta fedezni a külvilágot. Megtalálta a módját, hogy elhagyja a mátrixot, és elindult a Prototype Guy felé. Az alkotók úgy döntöttek, hogy nem avatkoznak bele a srácba, arra kérnek, hogy segíts neki alkalmazkodni, leküzdeni az akadályokat. Át kell ugrani éles tüskéken és négyzet alakú robotokon. A robotokat egyébként úgy lehet megsemmisíteni, ha közvetlenül rájuk ugranak. Ha az akadályt nem sikerül legyőzni, a hős újrakezdi a Prototype Guy játékban.
