A földiek kolóniája fölött, amely az egyik bolygón található, furcsa, sokszínű buborékok jelentek meg. Mint kiderült, méreggel vannak tele. Fokozatosan ereszkednek le a földiek kolóniájára. A Bubble Planets játékban mindet el kell pusztítanod. Ehhez egy speciális ágyút fog használni. Egyetlen töltést fog lőni, amelynek van egy bizonyos színe is. Alaposan meg kell vizsgálnia az összes buborékot, és meg kell találnia egy helyet, ahol egyes tárgyak csoportosulnak. Ugyanolyan színűek legyenek, mint a töltés. Ezt követően lőni fog. Az objektumfürtöt eltaláló mag felrobbantja őket, és ezért bizonyos számú pontot kap. Az Ön feladata, hogy a lehető leghamarabb megtisztítsa a játékteret az összes buboréktól, ezen műveletek végrehajtásával.
