Valahányszor valamilyen vírus vagy más nemkívánatos anyag megpróbál bejutni a szervezetébe, és ott felállítja a saját szabályait, az immunrendszer elkezd harcolni. Az Immune system Command játékban ezt első kézből fogod látni, és még a külső támadások visszaverésében is segíthetsz a rendszernek. Ezúttal a testet különféle vírusok dühös támadása éri. Megjelennek a jobb oldalon, a bal oldalon, felülről repülnek. Az alábbi elemekre kell kattintania, hogy antitesteket szabadíthassanak fel a vírusok és baktériumok ellen, amelyek elpusztítják a gonosztevőket, és nem tudják elérni céljukat - a pusztítást az Immunrendszer Parancsnokságában.
