A játékban a Flappy Run Online bejut a világba, ahol élnek a lények, amelyek a levegőben mozoghatnak. Manapság az ilyen teremtmények társasága úgy döntött, hogy utazik, és felfedezi az országuk távoli sarkait. A levegőbe emelkedve az útvonal mentén repültek. Annak érdekében, hogy a levegőben maradjanak, az egérrel kattints a képernyőre. Ha ugyanez történik, akkor elveszíti és újra elkezdi a játékot.
