Mindenki, aki járt a tengeren, biztosan látott már medúzát. Ezek a vízoszlopban úszkáló zselészerű lények, sokuk fájdalmasan csíp, így a nyaralók nem szeretik túlságosan a medúzát. De a Flappy Jelly játékban segíteni fogsz az egyiküknek, és ez egy teljesen ártalmatlan medúza, ezért el kell rejtőznie a sok ellenség elől, akikkel mindenki rendelkezik a víz alatti világban. Ezalatt a medúzának el kell bújnia a környékre közeledő vihar elől. Egyáltalán nem akar a hullámok között lógni, ezért úgy döntött, hogy mélyebbre úszik, de egy ősi templom romjai között kötött ki. Segíts a medúzának átjutni a márványoszlopokon, amelyek a Flappy Jelly tetejéből és aljából állnak ki.