A madárvonulás a madarak évenkénti vonulása melegebb vidékekre. Az ősz beköszöntével sok madárfaj dél felé indul, hogy túlélje a hideg telet. A kacsák közéjük tartozik, és a játékban segít egy kacsának legyőzni egy nehéz repülést. De először ki kell választanod egy karaktert a játékban bemutatott hősök közül: Pam, Mac, Dan bácsi, Gwen és Dax. Bármelyikük engedelmeskedik az irányításodnak. A Migration Flappy Duck cselekménye az, hogy a madarad lemaradt a nyáj mögött. Amikor az összes rokona elrepült, a szárnya megsérült, de mára meggyógyult, és megpróbálhatja utolérni a nyájat és együtt repülni. Először azonban sok akadályt le kell küzdened, és erőteljesen csapkodnod kell a szárnyaidat szünet nélkül a Migration Flappy Duck játékban.
